Het Amsterdam Ensemble is in januari 2009 opgericht door Michael Hesselink (klarinet), Eildert Beeftink (piano) en Julia Tom (cello). Zij speelden voor het eerst samen in de Kleine Zaal van het Concertgebouw, in 2004, in de serie Jonge Nederlanders. Het officiële debuutconcert was tijdens het Grachtenfestival Amsterdam 2009 waarin zij samenwerkten met Certo die een documentaire had gemaakt ter begeleiding van het concert. Het Amsterdam Ensemble werkt samen met gastmusici als Tjeerd Top, Frederieke Saeys en Rosanne Philippens. De leden van het Amsterdam Ensemble lichten graag persoonlijk hun band met de muziek die zij spelen toe. In 2010 organiseerde het Ensemble voor de eerste keer zijn eigen concertserie Senses, waarin het publiek via alle zintuigen met cultuur in aanraking wordt gebracht. Gastmusici bij Senses waren tot nu toe o.a. Liza Ferschtman, Rosanne Philippens, André Morsch, Hanneke de Wit en Philippe Elan. Voor 2012 staat een samenwerking met zangeres Christianne Stotijn op de agenda.
Een bijzondere samenwerking met Dichter des Vaderlands Ramsey Nasr kreeg zijn première tijdens het Grachtenfestival 2010. Dit programma combineerde de vierde symfonie van Mahler in een bewerking voor het ensemble met de voordracth van Het Hemelse Leven van Ramsey Nasr. Hiermee makkte het Amsterdam Ensemble ook zijn debuut in de Grote Zaal van het Concertgebouw te Amsterdam tijdens het officiële concert t.g.v. de Nationale Dodenherdenking op 4 mei 2011.